Mzdy je možné zpracovávat hromadně pomocí tlačítek pro hromadné akce, nebo také jednotlivě pro konkrétního zaměstnance, a to proklikem na řádku s danou smlouvou ze seznamu smluv. Proklikem dochází k sestavení a vypočítání mzdy a zároveň se otevře stránka s výpočtem mzdy.
Při hromadném sestavení mzdy není potřeba označovat žádnou smlouvu, mzdy se sestaví automaticky pro všechny zaměstnance. Jelikož se jedná o časově náročnější operaci, sestavení mezd probíhá na pozadí. Během této doby je možné v plusPortalu dále pracovat.
Průběh hromadného zpracování je možné sledovat v centrálním inboxu. Povolení sledování úloh na pozadí nastavíte z horní ovládací lišty, kde vedle svého jména rozbalíte šipkou nabídku a zvolíte Osobní nastavení /oddíl Centrální inbox / check-boxInformace o zpracování na pozadí.
Obvyklý postup na zpracování mezd je ten, že se provede hromadné sestavení mezd, při kterém se do mzdy zahrnou podklady z karty zaměstnance (základní mzda + další položky odměňování, slevy na dani, paušální platby, srážky), položky z docházky a dalších modulů plusPortalu, popř. dalších externích zdrojů, a provede se první výpočet mzdy. Následuje kontrola jednotlivých mezd a řešení nedostatků, které systém signalizuje na filtračních dlaždicích.